Gli esperti di sicurezza, grazie anche al finanziamento di alcuni utenti, hanno dato il via a uno studio finalizzato alla ricerca di eventuali backdoor, visto e considerato che, essendo il sotfware open source, nessuno ne conosce gli sviluppatori. Il primo audit non ha però rilevato nessun malware o nessuna falla di sicurezza all'interno del programma, tuttavia ci sono state diverse voci sui possibili motivi di sospensione di Truecrypt che dalla versione 7.2 è stato ritirato. 

Lo stesso sito TrueCrypt consiglia l'utilizzo di BitLocker illustrando, però in lingua inglese, i passaggi necessari per una corretta configurazione. Dal sito Microsoft  invece sono illustrati in italiano i passaggi necessari per la corretta configurazione.